El lugar señalado para fundar la villa, es una amplia franja de terreno ribereño contiguo al río Deba, de un par de kilómetros de largo. De norte a sur, este espacio discurre entre los arroyos de Ugarroa, -en la inmediación de Andikano-, y el de Basarte, que desagua junto a la misma ermita de la Magdalena. El límite inferior lo marca el cauce del río Deba, mientras para el superior se establece el trazado del camino real que asciende hacia la cumbre del monte.

Va a ser en la zona intermedia de este espacio, donde se habilitará el recinto murado en una cómoda planicie ribereña de 177 metros de largo, con una anchura media de 82 metros, lo que nos da una superficie aproximada de 14.500 m2. En consecuencia, la nueva puebla, de planta más bien elíptica con la consiguiente tendencia a estrecharse en sus extremos, quedó estructurada con tres hileras de casas, en cuyo punto intermedio irrumpía una callejuela transversal que, aparte de funciones de intercomunicación ejercía de cortafuegos, y con dos calles-caminos situadas entre ellas en sentido longitudinal. Asimismo, en la inmediación de la entrada al portal instalado en el puente principal, se habilitó un reducido espacio público, que constituye el precedente de la actual plaza del Ayuntamiento.

Al igual que las demás villas medievales guipuzcoanas, durante el siglo XV y, particularmente, a partir de 1450, Elgoibar registrará un acusado incremento demográfico. Al no ser posible la expansión urbanística por la propia limitación del recinto murado, se inicia la articulación de arrabales en los extremos de la propia villa.

Dos fueron los que se desarrollaron durante esta época en nuestro pueblo. El más importante sin lugar a dudas y, por tanto, el “arrabal” por excelencia del pueblo, el denominado inicialmente de Yuso o de Abajo. El inicio de esta alargada arteria urbana comenzaba al franquear la puerta norte del recinto murado, marcando su final la regata que baja de Basarte en las inmediaciones de la Magdalena.

Su trazado, mayormente rectilíneo, aunque siempre mediatizado por la ribera del río Deba, tenía una longitud de unos 325 metros, con una anchura media de 45 metros, lo que totalizaba una extensión superficial de 14.625 m2., muy similar al del conjunto intramural.

El otro, denominado de Suso o de Arriba, se localizaba en la otra orilla del río, sobre la parte alta de la villa, y estaba auspiciado por el puente mayor de entrada al villazgo y el comienzo del camino real a la Villaviciosa de Marquina. Este arrabal de reducida entidad en comparación con el de abajo, no disponía de una trama ordenada de edificios.

Al amparo del crecimiento demográfico y desarrollo de la actividad productiva desde la misma fase inicial del siglo XVI, se va a vivir una época de esplendor en lo referente a la construcción de centros de culto. Este desarrollo de construcciones religiosas va a incidir de manera importante en la morfología del pueblo.

En especial, dos de estas fundaciones van a contribuir a modificar y complementar el conjunto urbano.

Por una parte, el monasterio de San Francisco erigido a partir de 1516, en el inicio del arrabal bajero de la villa. El precedente inmediato de este monasterio va a ser la ermita de la Piedad, inaugurada el año 1499 y situada en la inmediación de la puerta bajera de la muralla. Aunque sus últimas estructuras fueron demolidas el pasado siglo XX, todavía permanece su impronta en la denominación de la calle que desemboca en la Magdalena.

La otra fundación de estas características es el antiguo convento de Santa Clara, que hasta hace pocos años ha estado regido por las monjas de la Orden. Situado en el antiguo arrabal susero, en el inicio de la carretera a Markina, comenzó su andadura en 1533, dando lugar a un importante desarrollo urbanístico en la zona.